L'Association internationale des chats (TICA) a démenti l'idée fausse selon laquelle les pattes courtes des Munchkins nuisent à leur mobilité, car cette caractéristique physique résulte d'une mutation génétique spontanée et est d'origine naturelle. Le fait qu'il soit un chat de petite taille peut entraîner quelques problèmes de santé, notamment l'obésité, l'arthrite et l'ostéoarthrite.
En outre, le Munchkin est une race relativement nouvelle, il est donc difficile de déterminer correctement les maladies particulières qui lui sont propres.
L'existence de chats nains a été plusieurs fois signalée, dans les années 1930 et 1940, au Royaume-Uni, dans les années 1950 en Russie, dans les années 1970 en Nouvelle-Angleterre. En 1983, Sandra Hochenedel adopta un chat à courtes pattes, chaton d'une femelle gestante à robe noire qu'elle avait trouvée sous un camion. La moitié des chatons présentait des pattes courtes. L'un d'eux, un mâle baptisé « Toulouse », fut offert à Kay LaFrance qui avait établi une colonie de Munchkin.
Le chat doit son nom à la race de petits humanoïdes présentée dans le Magicien d'Oz. Alors que le munchkin commençait à éveiller la curiosité, d'autres chats présentant cette même mutation dominante furent découverts, pour certains intégrés au registre et au programme de reproduction. En 2002, la TICA concéda au munchkin le statut de championnat, une décision qui fit débat au sein de l'association.
La race sera reconnue en Australie, mais pas par la CFA, alors que la FIFé et le GCCF s'opposent à inscrire à leurs registres toute nouvelle race présentant un tel trait. Ces dernières années, plusieurs races se rapprochant du munchkin ont vu le jour, comme le minskin nu ou encore le skookum rex, reconnu en Australie, et à titre expérimental par la TICA, en 2006.
Pour ses partisans, le munchkin était une race à part entière, au même titre que celles des chats à poil frisé, nus, à queues courtes, anoures, à oreilles repliées ou à oreilles recourbées. Pour d'autres, cette réduction de taille allait trop loin. À l'état naturel, ces chats étaient vulnérables, mêmes si des familles de chats harets à pattes courtes avaient réussi à survivre sur des générations. Certains évoquèrent des répercussions possibles sur la santé du chat, mais les problèmes de colonne vertébrale suspectés ne se sont jamais manifestés. Certains spécimens souffrent d'une anomalie au niveau du squelette, qualifiée de « lordose thoracique », également rencontrée chez les races à longues pattes. La mutation peut aussi entraîner d'autres problèmes.
Le croisement de chats à courtes pattes produit des chatons souvent très petits et l'on sait que le gène peut s'avérer létal lorsqu'un sujet est porteur de deux copies. Or, en dehors de ce nanisme, aucun autre problème ne se manifeste, à la différence du Manx ou du Scottish Fold qui ont des anomalies au niveau du squelette.
La race et les races dérivées se rencontrent surtout en Amérique du Nord et en Australie. Partout ailleurs, le munchkin fait figure de rareté. Une vie de chat d'intérieur peut paraître plus sûre, même si le munchkin ne peut se passer d'activité et de jeu.
Le Munchkin est officiellement accepté dans le monde entier par l'International Cat Association et le LOOF (Livre Officiel des Origines Félines). Cependant, il n'est pas reconnu par toutes les associations, comme la Fédération internationale des chats, en raison de ses pattes courtes uniques qu'elles considèrent comme un défaut.
